1. Η διοικητική διάρθρωση της ΣΜΥΝ, ορίζεται από την ισχύουσα νομοθεσία περί διοικητικής οργανώσεως των ναυτικών υπηρεσιών του ΠΝ.
2. Η γενική διοικητική διάρθρωση της ΣΜΥΝ, έχει την ακόλουθη δομή:
α. Διοικητής
β. Υποδιοικητής
γ. Διεύθυνση Σπουδών
δ. Διεύθυνση Διοίκησης
ε. Διεύθυνση Τεχνικής Υποστήριξης
στ. Διεύθυνση Οικονομικής Μέριμνας και Εφοδιασμού
ζ. Για τις λοιπές οργανωτικές δομές που αφορούν στην εσωτερική οργάνωση και λειτουργία της Σχολής ως Ναυτικής Υπηρεσίας, εφαρμόζονται αναλόγως οι Διατάξεις Πολεμικού Ναυτικού.
