Για την επιλογή του φορέα που θα αναλάβει τη λειτουργία της μονάδας λαμβάνονται υπόψη τα ακόλουθα κριτήρια, η βαρύτητα των οποίων ορίζεται στην πρόσκληση ενδιαφέροντος:
α. Η τεχνογνωσία και η εμπειρία του φορέα στη λειτουργία Μονάδων Ψυχικής Υγείας, και ειδικότερα η τεχνογνωσία και η εμπειρία στο συγκεκριμένο τύπο μονάδας. Στο παρόν πεδίο συνεκτιμάται εξωτερική αξιολόγηση μονάδων ή δράσεων ψυχικής υγείας του φορέα ως προς την ποιότητα των παρεχόμενων υπηρεσιών, την προστασία των δικαιωμάτων, την ικανοποίηση των ληπτών των υπηρεσιών και την αποτελεσματικότητα των παρεμβάσεων από αρμόδια εθνικά ή διεθνή όργανα.
β. Η τεχνογνωσία και εμπειρία του προτεινόμενου Επιστημονικά Υπεύθυνου.
γ. Η τεχνογνωσία και εμπειρία των μελών της προτεινόμενης θεραπευτικής ομάδας που πρόκειται να στελεχώσει την μονάδα, και ιδιαίτερα τα προσόντα των ειδικοτήτων του ψυχιάτρου, παιδοψυχίατρου, ψυχολόγου, κοινωνικού λειτουργού, εργοθεραπευτή, φυσικοθεραπευτή, νοσηλευτή, επισκέπτη υγείας, καθώς και πρόσθετων ειδικοτήτων ανάλογα με τον τύπο της Μονάδας Ψυχικής Υγείας.
