Η Κεντρική Υπηρεσία (Κ.Υ.) του Φορέα διαρθρώνεται σε οργανικές μονάδες επιπέδου Διεύθυνσης, ως εξής:
1. Διεύθυνση Προγραμματισμού,
2. Διεύθυνση Κτηματολογίου,
3. Διεύθυνση Έργων,
4. Διεύθυνση Δασικών Χαρτών και Χαρτογράφησης Φυσικού Περιβάλλοντος,
5. Διεύθυνση Γεωχωρικών Πληροφοριών,
6. Διεύθυνση Προϊόντων και Υπηρεσιών,
7. Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών,
8. Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών και Ανθρωπίνου Δυναμικού,
9. Διεύθυνση Πληροφορικής,
10. Νομική Διεύθυνση.
