1. Η ΔΙ.Μ.Ε.Α. αποτελείται από τις ακόλουθες υπηρεσίες:
α) Τη Διεύθυνση Συντονισμού και Διοικητικής Υποστήριξης.
β) Τη Διεύθυνση Διυπηρεσιακής Συνεργασίας για τον Έλεγχο της Αγοράς και την Αντιμετώπιση του Παράνομου Εμπορίου.
γ) Τη Διεύθυνση Διαχείρισης Δεδομένων, Στατιστικής Επεξεργασίας και Εποπτείας Ηλεκτρονικού Εμπορίου.
2. Η Διεύθυνση Συντονισμού και Διοικητικής Υποστήριξης αποτελείται από τα ακόλουθα τμήματα:
α)Τμήμα Συντονισμού και β)Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης.
3. Η Διεύθυνση Διϋπηρεσιακής Συνεργασίας για τον Έλεγχο της Αγοράς και την Αντιμετώπιση του Παράνομου Εμπορίου αποτελείται από τα ακόλουθα τμήματα:
α) Τμήμα Διπηρεσιακής Δράσης.
β) Τμήμα Ελέγχου Αγοράς.
γ) Τμήμα Χημικών Αναλύσεων.
4. Η Διεύθυνση Διαχείρισης Δεδομένων, Στατιστικής Επεξεργασίας και Εποπτείας Ηλεκτρονικού Εμπορίου αποτελείται από τα ακόλουθα τμήματα:
α) Τμήμα Διαχείρισης Πληροφοριών και Εποπτείας Ηλεκτρονικού Εμπορίου.
β) Τμήμα Ανάλυσης Δεδομένων.
