Ο Οργανισμός του Δικαστηρίου της Ευρωπαϊκής Ένωσης ορίζεται σε ιδιαίτερο πρωτόκολλο.
Το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο και το Συμβούλιο, αποφασίζοντας σύμφωνα με τη συνήθη νομοθετική διαδικασία, μπορούν να τροποποιούν τις διατάξεις του Οργανισμού, εξαιρέσει του τίτλου Ι και του άρθρου 64 του Οργανισμού. Το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο και το Συμβούλιο αποφασίζουν είτε μετά από αίτημα του Δικαστηρίου και διαβούλευση με την Επιτροπή, είτε μετά από πρόταση της Επιτροπής και διαβούλευση με το Δικαστήριο.
